Header And Logo

• ホーム
• FreeBSD とは
• FreeBSD の入手
• ドキュメント
• コミュニティ
• 開発
• サポート

FreeBSD Ports: Biology

生物学に関連するソフトウェア。

InsightToolkit-2.8.1_1

Insight Toolkit
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: bacon@smithers.neuro.mcw.edu
必要なもの: cmake-2.6.0
ここにも含まれています: Science

LBreeder-1.0_11

Allows you to display and breed L-system forms
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: dyeske@gmail.com
必要なもの: atk-1.22.0_1, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.6.4_2,1, damageproto-1.1.0_2, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.5.0,1, freetype2-2.3.7, gamin-0.1.9_2, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.16.4, glib-2.16.4, gmake-3.81_3, gtk-2.12.11, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.4.2.1, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, libGL-7.0.3, libGLU-7.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.1.3,1, libXinerama-1.0.2,1, libXmu-1.0.3,1, libXrandr-1.2.2_1, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.1, libdrm-2.3.0, libfontenc-1.0.4, libglut-7.0.1_1, libiconv-1.11_1, libxml2-2.6.32, mkfontdir-1.0.3_1, mkfontscale-1.0.3, pango-1.20.5, pcre-7.7, perl-5.8.8_1, pixman-0.10.0_2, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, python25-2.5.2_2, randrproto-1.2.1, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.40, tiff-3.8.2_1, wxgtk2-2.4.2_1, xextproto-7.0.2, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.3, xproto-7.0.10_1

adun-0.8.2_1

Molecular Simulator for GNUstep
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: dinoex@FreeBSD.org
必要なもの: aspell-0.60.6_2, cups-base-1.3.7_3, expat-2.0.1, ffcall-1.10_1, fontconfig-2.5.0,1, freetype-1.3.1_4, freetype2-2.3.7, gcc-4.2.4_20080430, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, gnustep-back-0.12.2, gnustep-base-1.14.4, gnustep-gui-0.12.2, gnustep-make-2.0.6, gnutls-2.4.1, gsl-1.11, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXft-2.1.13, libXmu-1.0.3,1, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libaudiofile-0.2.6, libgcrypt-1.4.1_1, libgmp-4.2.2, libgpg-error-1.6_1, libiconv-1.11_1, libungif-4.1.4_5, libxml2-2.6.32, libxslt-1.1.24, mpfr-2.3.1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, portaudio-19.b1175, renderproto-0.9.3, tiff-3.8.2_1, xextproto-7.0.2, xproto-7.0.10_1
ここにも含まれています: Gnustep

afni-2008.01.02.1043_1

Advanced Functional Neuro Imaging
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: bacon@smithers.neuro.mcw.edu
必要なもの: damageproto-1.1.0_2, endian-1.0, fixesproto-4.0, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, inputproto-1.4.2.1, jbigkit-1.6, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, libGL-7.0.3, libGLU-7.0.3, libGLw-7.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXaw-1.0.4_1,1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXfixes-4.0.3_1, libXi-1.1.3,1, libXmu-1.0.3,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.1, libdrm-2.3.0, libiconv-1.11_1, mpeg_encode-1.5b, netpbm-10.26.55, open-motif-2.2.3_5, perl-5.8.8_1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, printproto-1.0.3, tiff-3.8.2_1, whirlgif-3.04, xbitmaps-1.0.1, xextproto-7.0.2, xf86vidmodeproto-2.2.2, xproto-7.0.10_1
ここにも含まれています: Science, Graphics

ariadne-1.3

Programs to compare protein sequences and profiles
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.11_1

artemis-9_1

A DNA sequence viewer and annotation tool
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: diablo-jdk-1.5.0.07.01_10, inputproto-1.4.2.1, javavmwrapper-2.3.2, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXi-1.1.3,1, libXp-1.0.0,1, libXt-1.0.5_1, libXtst-1.0.3_1, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.3, recordproto-1.13.2, xextproto-7.0.2, xproto-7.0.10_1
ここにも含まれています: Java

avida-2.4.3

Avida is an auto-adaptive genetic system designed for ALife research
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: sf@slappy.org
必要なもの: cmake-2.6.0

babel-1.6_3

様々な分子ファイルのフォーマット間で変換をおこなうプログラム
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
ここにも含まれています: Converters

belvu-2.29

A viewer for multiple sequence alignments
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: linux_base-fc-4_13

biococoa-1.6.0_2

Bioinformatics framework
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: dinoex@FreeBSD.org
必要なもの: aspell-0.60.6_2, cups-base-1.3.7_3, expat-2.0.1, ffcall-1.10_1, fontconfig-2.5.0,1, freetype-1.3.1_4, freetype2-2.3.7, gcc-4.2.4_20080430, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, gnustep-back-0.12.2, gnustep-base-1.14.4, gnustep-gui-0.12.2, gnustep-make-2.0.6, gnutls-2.4.1, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXft-2.1.13, libXmu-1.0.3,1, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libaudiofile-0.2.6, libgcrypt-1.4.1_1, libgmp-4.2.2, libgpg-error-1.6_1, libiconv-1.11_1, libungif-4.1.4_5, libxml2-2.6.32, libxslt-1.1.24, mpfr-2.3.1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, portaudio-19.b1175, renderproto-0.9.3, tiff-3.8.2_1, xextproto-7.0.2, xproto-7.0.10_1
ここにも含まれています: Gnustep

biojava-1.5.b2_2,1

生物学のデータ処理のためのオープンソース java ツール
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: nemoliu@FreeBSD.org
必要なもの: apache-ant-1.7.0_2, diablo-jdk-1.5.0.07.01_10, hsqldb-1.8.0.9_1, inputproto-1.4.2.1, jakarta-commons-cli-1.0_2,1, jakarta-commons-collections-3.2_2, jakarta-commons-dbcp-1.2.1_2, jakarta-commons-pool-1.3_2, jakarta-regexp-1.5_2, javavmwrapper-2.3.2, junit-4.4_1, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXi-1.1.3,1, libXp-1.0.0,1, libXt-1.0.5_1, libXtst-1.0.3_1, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.3, recordproto-1.13.2, xerces-j-2.9.0_2, xextproto-7.0.2, xproto-7.0.10_1
ここにも含まれています: Java

blat-34

A fast tool for local sequence similarity searches
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.11_1

boinc-simap-5.10.5.09_2

Similarity Matrix of Proteins project for BOINC
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: pav@FreeBSD.org
必要なもの: ORBit2-2.14.13_1, atk-1.22.0_1, bitstream-vera-1.10_4, boinc-client-5.10.32_2, cairo-1.6.4_2,1, curl-7.18.0, damageproto-1.1.0_2, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.5.0,1, freetype2-2.3.7, gamin-0.1.9_2, gconf2-2.22.0_1, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.16.4, glib-2.16.4, gnomehier-2.3_10, gstreamer-0.10.19_1, gstreamer-plugins-0.10.19_2,3, gtk-2.12.11, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.4.2.1, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, libGL-7.0.3, libGLU-7.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libIDL-0.8.10_1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.1.3,1, libXinerama-1.0.2,1, libXmu-1.0.3,1, libXrandr-1.2.2_1, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libXv-1.0.3_1,1, libXxf86vm-1.0.1, libdrm-2.3.0, libfontenc-1.0.4, libglut-7.0.1_1, libiconv-1.11_1, libmspack-0.0.20040308_3, liboil-0.3.14, libxml2-2.6.32, mkfontdir-1.0.3_1, mkfontscale-1.0.3, pango-1.20.5, pcre-7.7, perl-5.8.8_1, pixman-0.10.0_2, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, popt-1.7_5, python25-2.5.2_2, randrproto-1.2.1, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.40, tiff-3.8.2_1, videoproto-2.2.2, wxgtk2-2.8.7, wxgtk2-common-2.8.7_1, xextproto-7.0.2, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.3, xproto-7.0.10_1

chemeq-1.50_1

化学反応の LaTeX のコードを出力する
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: bison-2.3_4,1, gettext-0.17_1, libiconv-1.11_1, m4-1.4.11,1
ここにも含まれています: Textproc

clustalw-2.0.6

多重配列整列プログラム CLUSTAL W
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: wenheping@gmail.com

consed-16.0

A graphical tool for editing Phrap assemblies
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: mzaki@biol.s.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: linux-expat-1.95.8, linux-fontconfig-2.2.3_7, linux-xorg-libs-6.8.2_5, linux_base-fc-4_13, perl-5.8.8_1, phd2fasta-0.990622.f, phrap-0.990329, phred-0.020425.c

crimap-2.4

Creation of multilocus linkage maps
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org

cycle-0.3.1_3

A calendar program for women
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: danfe@FreeBSD.org
必要なもの: atk-1.22.0_1, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.6.4_2,1, damageproto-1.1.0_2, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.5.0,1, freetype2-2.3.7, gamin-0.1.9_2, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.16.4, glib-2.16.4, gtk-2.12.11, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.4.2.1, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, libGL-7.0.3, libGLU-7.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.1.3,1, libXinerama-1.0.2,1, libXmu-1.0.3,1, libXrandr-1.2.2_1, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.1, libdrm-2.3.0, libfontenc-1.0.4, libglut-7.0.1_1, libiconv-1.11_1, libmspack-0.0.20040308_3, libxml2-2.6.32, mkfontdir-1.0.3_1, mkfontscale-1.0.3, pango-1.20.5, pcre-7.7, perl-5.8.8_1, pixman-0.10.0_2, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, py25-imaging-1.1.6_2, py25-numeric-24.2, py25-opengl-2.0.1.07_4, py25-tkinter-2.5.2_2, py25-wxPython-2.6.3.3_1, py25-wxPython-common-2.6.3.3_2, python25-2.5.2_2, randrproto-1.2.1, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.40, tcl-8.4.19,1, tiff-3.8.2_1, tk-8.4.19,2, wxgtk2-2.6.3_5, wxgtk2-common-2.6.3_4, wxgtk2-contrib-2.6.3_3, wxgtk2-contrib-common-2.6.3_3, xextproto-7.0.2, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.3, xproto-7.0.10_1
ここにも含まれています: Deskutils, Python

distribfold-0.1.20040613

distributedfolding.org distributed protein folding project
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: compat4x-i386-5.3_9, localedata-5.4
ここにも含まれています: Net

dna-qc-1993.07.26

A quality control algorithm for DNA sequencing projects
詳しい説明 | パッケージ | ソース
保守担当者: ports@FreeBSD.org

dotter-20021204

A viewer for multiple sequence alignments
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: linux_base-fc-4_13

dtiquery-1.1_1

Stanford DTI Visualization tool
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: jwbacon@tds.net
必要なもの: ORBit2-2.14.13_1, atk-1.22.0_1, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.6.4_2,1, compositeproto-0.4, cups-base-1.3.7_3, damageproto-1.1.0_2, dmxproto-2.2.2, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontcacheproto-0.1.2, fontconfig-2.5.0,1, fontsproto-2.0.2, freetype2-2.3.7, gamin-0.1.9_2, gconf2-2.22.0_1, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.16.4, glib-2.16.4, gmake-3.81_3, gnomehier-2.3_10, gnutls-2.4.1, gstreamer-0.10.19_1, gstreamer-plugins-0.10.19_2,3, gtk-2.12.11, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.4.2.1, jama-1.2.5, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, lcms-1.17,1, libFS-1.0.0_1, libGL-7.0.3, libGLU-7.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libIDL-0.8.10_1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXScrnSaver-1.1.2, libXTrap-1.0.0, libXau-1.0.3_2, libXaw-1.0.4_1,1, libXcomposite-0.4.0,1, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXevie-1.0.2, libXext-1.0.3,1, libXfixes-4.0.3_1, libXfont-1.3.1_3,1, libXfontcache-1.0.4, libXft-2.1.13, libXi-1.1.3,1, libXinerama-1.0.2,1, libXmu-1.0.3,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXprintAppUtil-1.0.1, libXprintUtil-1.0.1, libXrandr-1.2.2_1, libXrender-0.9.4_1, libXres-1.0.3_3, libXt-1.0.5_1, libXtst-1.0.3_1, libXv-1.0.3_1,1, libXvMC-1.0.4_1, libXxf86dga-1.0.2, libXxf86misc-1.0.1, libXxf86vm-1.0.1, libdmx-1.0.2_1, libdrm-2.3.0, libfontenc-1.0.4, libgcrypt-1.4.1_1, libgpg-error-1.6_1, libiconv-1.11_1, libmng-1.0.9, libmspack-0.0.20040308_3, liboil-0.3.14, liboldX-1.0.1, libxkbfile-1.0.4, libxkbui-1.0.2_1, libxml2-2.6.32, mkfontdir-1.0.3_1, mkfontscale-1.0.3, nas-1.9.1_2, pango-1.20.5, pcre-7.7, perl-5.8.8_1, pixman-0.10.0_2, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, popt-1.7_5, printproto-1.0.3, python25-2.5.2_2, qt-3.3.8_9, randrproto-1.2.1, rapid-2.01, recordproto-1.13.2, renderproto-0.9.3, scrnsaverproto-1.1.0, shared-mime-info-0.40, tcl-8.4.19,1, tiff-3.8.2_1, tk-8.4.19,2, tnt-1.2.6, trapproto-3.4.3, videoproto-2.2.2, vtk-5.0.3_1, wxgtk2-2.8.7, wxgtk2-common-2.8.7_1, xextproto-7.0.2, xf86dgaproto-2.0.3, xf86miscproto-0.9.2, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.3, xorg-libraries-7.3_2, xproto-7.0.10_1, xtrans-1.0.4
ここにも含まれています: Science

embassy-5.0.0

A collection of contributed EMBOSS applications
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: emboss-5.0.0, freetype2-2.3.7, gd-2.0.35,1, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXaw-1.0.4_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXmu-1.0.3,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libiconv-1.11_1, open-motif-2.2.3_5, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, printproto-1.0.3, xbitmaps-1.0.1, xextproto-7.0.2, xproto-7.0.10_1

emboss-5.0.0

遺伝配列解析のためのオープンソースツールコレクション
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: clustalw-2.0.6, freetype2-2.3.7, gd-2.0.35,1, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXaw-1.0.4_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXmu-1.0.3,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libiconv-1.11_1, libtool-1.5.26, open-motif-2.2.3_5, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, primer3-1.1.3, printproto-1.0.3, xbitmaps-1.0.1, xextproto-7.0.2, xproto-7.0.10_1

fasta-21.u1.d1

DNA, タンパク質データベース検索用のプログラム集
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org

fasta3-35.3.6

DNA, タンパク質データベース検索用のプログラム集, V 3
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar

fastdnaml-1.2.2_1

DNAML の高速版, 最尤法により系統樹を作成する
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.11_1

finchtv-1.3.1

A chromatogram trace viewer
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: linux_base-fc-4_13

fluctuate-1.40

A program to fit population models
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org

garlic-1.5_2

Molecular viewer, editor and visualization program
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: maho@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, kbproto-1.0.3, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXdmcp-1.0.2_1, libiconv-1.11_1, pkg-config-0.23_1, xproto-7.0.10_1

genpak-0.26_4

GP は DNA 配列を扱うユーティリティ群です
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: freetype2-2.3.7, gd-2.0.35,1, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, jpeg-6b_4, libiconv-1.11_1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28

gff2ps-0.98d_2

Converts gff-formated genomic data-sets to PostScript
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: bash-3.2.39_1, gawk-3.1.6_1, gettext-0.17_1, libiconv-1.11_1

gmap-2006.04.21

A Genomic Mapping and Alignment Program for mRNA and EST Sequences
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: rpz@cse.wustl.edu
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.11_1

gperiodic-2.0.10_2

元素の周期表を表示する
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: atk-1.22.0_1, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.6.4_2,1, damageproto-1.1.0_2, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.5.0,1, freetype2-2.3.7, gamin-0.1.9_2, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.16.4, glib-2.16.4, gtk-2.12.11, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.4.2.1, intltool-0.37.1, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.1.3,1, libXinerama-1.0.2,1, libXrandr-1.2.2_1, libXrender-0.9.4_1, libfontenc-1.0.4, libiconv-1.11_1, libxml2-2.6.32, mkfontdir-1.0.3_1, mkfontscale-1.0.3, p5-XML-Parser-2.36, pango-1.20.5, pcre-7.7, perl-5.8.8_1, pixman-0.10.0_2, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, python25-2.5.2_2, randrproto-1.2.1, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.40, tiff-3.8.2_1, xextproto-7.0.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.3, xproto-7.0.10_1

grappa-2.0

Genome Rearrangements Analysis and Phylogeny Software
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.11_1

hmmer-2.3.2

生物学的時系列解析のための隠れマルコフモデルを求める
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: perl-5.8.8_1

jalview-2.07_2

A viewer and editor for multiple sequence alignments
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: apache-ant-1.7.0_2, diablo-jdk-1.5.0.07.01_10, inputproto-1.4.2.1, javavmwrapper-2.3.2, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXi-1.1.3,1, libXp-1.0.0,1, libXt-1.0.5_1, libXtst-1.0.3_1, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.3, recordproto-1.13.2, xextproto-7.0.2, xproto-7.0.10_1
ここにも含まれています: Java

kinemage-5.79_1

特殊な関数を用いて分子を可視化するプログラム
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXaw-1.0.4_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXmu-1.0.3,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, open-motif-2.2.3_5, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.3, xbitmaps-1.0.1, xextproto-7.0.2, xproto-7.0.10_1

lagan-1.2

Efficient tools for large-scale multiple alignments of genomic DNA
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: perl-5.8.8_1

lamarc-2.1.2b,1

A package of programs for computing population parameters
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org

libgenome-0.5.2_1

Toolkit for developing bioinformatic related software in C++
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: libtool-1.5.26

linux-foldingathome-5.04

Distributed client for Protein Folding
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: onatan@gmail.com
必要なもの: linux_base-fc-4_13

lsysexp-0.67_8

A GTK based program for viewing and creating L-system fractals
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: dyeske@gmail.com
必要なもの: atk-1.22.0_1, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.6.4_2,1, damageproto-1.1.0_2, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.5.0,1, freetype2-2.3.7, gamin-0.1.9_2, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.16.4, glib-2.16.4, gtk-2.12.11, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.4.2.1, intltool-0.37.1, jpeg-6b_4, kbproto-1.0.3, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.1.3,1, libXinerama-1.0.2,1, libXrandr-1.2.2_1, libXrender-0.9.4_1, libfontenc-1.0.4, libiconv-1.11_1, libxml2-2.6.32, mkfontdir-1.0.3_1, mkfontscale-1.0.3, p5-XML-Parser-2.36, pango-1.20.5, pcre-7.7, perl-5.8.8_1, pixman-0.10.0_2, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28, python25-2.5.2_2, randrproto-1.2.1, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.40, tiff-3.8.2_1, xextproto-7.0.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.3, xproto-7.0.10_1

mafft-5.743

Multiple sequence alignments based on fast Fourier transform
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: fasta3-35.3.6

mapm3-3.0

Constructs linkage maps of markers segregating in experimental crosses
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: tphilipp@potion-studios.com

migrate-2.4.3_1

A program to estimate population sizes and migration rates
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org

minc-1.4_2

Medical Imaging NetCDF
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: bacon@smithers.neuro.mcw.edu
必要なもの: libtool-1.5.26, netcdf-3.6.3
ここにも含まれています: Science

minc-2.0.09_1

Medical Imaging NetCDF
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: bacon@smithers.neuro.mcw.edu
必要なもの: hdf5-1.6.7_1, libtool-1.5.26, netcdf-3.6.3
ここにも含まれています: Science

molden-4.5_2

分子軌道と電子密度を 2D と 3D で表示する
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: damageproto-1.1.0_2, fixesproto-4.0, gcc-4.2.4_20080430, inputproto-1.4.2.1, kbproto-1.0.3, libGL-7.0.3, libGLU-7.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXfixes-4.0.3_1, libXi-1.1.3,1, libXmu-1.0.3,1, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.1, libdrm-2.3.0, libglut-7.0.1_1, libgmp-4.2.2, libiconv-1.11_1, mpfr-2.3.1, pkg-config-0.23_1, xextproto-7.0.2, xf86vidmodeproto-2.2.2, xproto-7.0.10_1

mopac-7.1.10,1

半経験的分子軌道計算 (MNDO, etc.)
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: f2c-20060810_1, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.11_1

mrbayes-3.1.2

Bayesian inference of phylogeny
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.11_1, readline-5.2_1

mummer-3.20

A modular system for rapid whole genome alignment
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: Anthony.Maher@uts.edu.au
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.11_1

muscle-3.6

MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.11_1

nab-5.1.2_1

これは, 巨大分子の記述言語 nab (核酸ビルダー) です
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mldodson@comcast.net
必要なもの: ucpp-1.3

ncbi-toolkit-2006.05.07_1

National Center for Biotechnology Information (NCBI) の開発キット
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXau-1.0.3_2, libXaw-1.0.4_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.3,1, libXmu-1.0.3,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, open-motif-2.2.3_5, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.3, xbitmaps-1.0.1, xextproto-7.0.2, xproto-7.0.10_1

njplot-2.1

Phylogenetic tree drawing program capable of interactive manipulation
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: compositeproto-0.4, damageproto-1.1.0_2, dmxproto-2.2.2, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, fontcacheproto-0.1.2, fontconfig-2.5.0,1, fontsproto-2.0.2, freetype2-2.3.7, inputproto-1.4.2.1, kbproto-1.0.3, libFS-1.0.0_1, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.0.3_1,1, libX11-1.1.3_1,1, libXScrnSaver-1.1.2, libXTrap-1.0.0, libXau-1.0.3_2, libXaw-1.0.4_1,1, libXcomposite-0.4.0,1, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXevie-1.0.2, libXext-1.0.3,1, libXfixes-4.0.3_1, libXfont-1.3.1_3,1, libXfontcache-1.0.4, libXft-2.1.13, libXi-1.1.3,1, libXinerama-1.0.2,1, libXmu-1.0.3,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXprintAppUtil-1.0.1, libXprintUtil-1.0.1, libXrandr-1.2.2_1, libXrender-0.9.4_1, libXres-1.0.3_3, libXt-1.0.5_1, libXtst-1.0.3_1, libXv-1.0.3_1,1, libXvMC-1.0.4_1, libXxf86dga-1.0.2, libXxf86misc-1.0.1, libXxf86vm-1.0.1, libdmx-1.0.2_1, libfontenc-1.0.4, liboldX-1.0.1, libxkbfile-1.0.4, libxkbui-1.0.2_1, ncbi-toolkit-2006.05.07_1, open-motif-2.2.3_5, pixman-0.10.0_2, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.3, randrproto-1.2.1, recordproto-1.13.2, renderproto-0.9.3, scrnsaverproto-1.1.0, trapproto-3.4.3, videoproto-2.2.2, xbitmaps-1.0.1, xextproto-7.0.2, xf86dgaproto-2.0.3, xf86miscproto-0.9.2, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-libraries-7.3_2, xproto-7.0.10_1, xtrans-1.0.4

ortep3-1.0.3_3

Oak Ridge の結晶構造用の Thermal Ellipsoid プロットプログラム
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gcc-4.2.4_20080430, libgmp-4.2.2, libiconv-1.11_1, mpfr-2.3.1

p5-AcePerl-1.91

ACEDB ゲノムデータベース用の perl インタフェイス
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: pgollucci@p6m7g8.com
必要なもの: p5-Cache-Cache-1.05, p5-Digest-1.15, p5-Digest-MD5-2.36, p5-Digest-SHA1-2.11, p5-Error-0.17014, p5-IPC-ShareLite-0.13, p5-MIME-Base64-3.07, p5-PathTools-3.2701, p5-Scalar-List-Utils-1.19,1, p5-Storable-2.18, perl-5.8.8_1
ここにも含まれています: Databases, Perl5

p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.091

Regular expression-based Perl Parser for NCBI Entrez Gene
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mauricio@arareko.net
必要なもの: perl-5.8.8_1
ここにも含まれています: Perl5

p5-Bio-Das-1.09

Client-side library for Distributed Genome Annotation System
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: expat-2.0.1, freetype2-2.3.7, gd-2.0.35,1, jpeg-6b_4, libiconv-1.11_1, mysql-client-5.0.51a, p5-AcePerl-1.91, p5-Authen-SASL-2.12, p5-Cache-Cache-1.05, p5-Compress-Raw-Zlib-2.011, p5-Compress-Zlib-2.011, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.006, p5-DBI-1.60.4, p5-Digest-1.15, p5-Digest-HMAC-1.01, p5-Digest-MD5-2.36, p5-Digest-SHA1-2.11, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17014, p5-File-Temp-0.20, p5-GD-2.39, p5-GSSAPI-0.26, p5-HTML-Parser-3.56_1, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-IO-Compress-Base-2.011, p5-IO-Compress-Zlib-2.011, p5-IO-Socket-SSL-1.13, p5-IO-String-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-ShareLite-0.13, p5-MIME-Base64-3.07, p5-MIME-Lite-3.02.1, p5-MIME-Tools-5.426,2, p5-MIME-Types-1.24, p5-Mail-Tools-2.02, p5-Net-1.22,1, p5-Net-SSLeay-1.30_1, p5-Parse-RecDescent-1.95.1, p5-PathTools-3.2701, p5-SOAP-Lite-0.69, p5-Scalar-List-Utils-1.19,1, p5-Storable-2.18, p5-Test-Harness-3.12, p5-Test-Simple-0.80, p5-Text-Balanced-2.0.0_1, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-URI-1.37, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.09_1, p5-XML-Node-0.11, p5-XML-Parser-2.36, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.16, p5-XML-SAX-Expat-0.40, p5-XML-SAX-Writer-0.50, p5-XML-Simple-2.18, p5-XML-Twig-3.32, p5-XML-Writer-0.604, p5-XML-XPath-1.13, p5-bioperl-1.4_1, p5-libwww-5.805, p5-libxml-0.08, p5-version-0.75.01, perl-5.8.8_1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28
ここにも含まれています: Perl5

p5-Bio-Phylo-0.16

Phylogenetic analysis using perl
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: expat-2.0.1, freetype2-2.3.7, gd-2.0.35,1, jpeg-6b_4, libiconv-1.11_1, mysql-client-5.0.51a, p5-AcePerl-1.91, p5-Authen-SASL-2.12, p5-Cache-Cache-1.05, p5-Class-Data-Inheritable-0.08, p5-Compress-Raw-Zlib-2.011, p5-Compress-Zlib-2.011, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.006, p5-DBI-1.60.4, p5-Devel-StackTrace-1.19.01, p5-Digest-1.15, p5-Digest-HMAC-1.01, p5-Digest-MD5-2.36, p5-Digest-SHA1-2.11, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17014, p5-Exception-Class-1.24, p5-ExtUtils-CBuilder-0.23, p5-ExtUtils-ParseXS-2.19, p5-File-Temp-0.20, p5-GD-2.39, p5-GSSAPI-0.26, p5-HTML-Parser-3.56_1, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-IO-Compress-Base-2.011, p5-IO-Compress-Zlib-2.011, p5-IO-Socket-SSL-1.13, p5-IO-String-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-ShareLite-0.13, p5-MIME-Base64-3.07, p5-MIME-Lite-3.02.1, p5-MIME-Tools-5.426,2, p5-MIME-Types-1.24, p5-Mail-Tools-2.02, p5-Math-Random-0.70, p5-Module-Build-0.28.08_2, p5-Net-1.22,1, p5-Net-SSLeay-1.30_1, p5-Parse-RecDescent-1.95.1, p5-PathTools-3.2701, p5-SOAP-Lite-0.69, p5-SVG-2.44, p5-Scalar-List-Utils-1.19,1, p5-Spiffy-0.30, p5-Storable-2.18, p5-Test-Base-0.54_1, p5-Test-Harness-3.12, p5-Test-Simple-0.80, p5-Text-Balanced-2.0.0_1, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-URI-1.37, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.09_1, p5-XML-Node-0.11, p5-XML-Parser-2.36, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.16, p5-XML-SAX-Expat-0.40, p5-XML-SAX-Writer-0.50, p5-XML-Simple-2.18, p5-XML-Twig-3.32, p5-XML-Writer-0.604, p5-XML-XPath-1.13, p5-YAML-0.66, p5-bioperl-1.4_1, p5-libwww-5.805, p5-libxml-0.08, p5-version-0.75.01, perl-5.8.8_1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28
ここにも含まれています: Perl5

p5-bioperl-1.4_1

生物情報学用の perl モジュールコレクション
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: expat-2.0.1, freetype2-2.3.7, gd-2.0.35,1, jpeg-6b_4, libiconv-1.11_1, mysql-client-5.0.51a, p5-AcePerl-1.91, p5-Authen-SASL-2.12, p5-Cache-Cache-1.05, p5-Compress-Raw-Zlib-2.011, p5-Compress-Zlib-2.011, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.006, p5-DBI-1.60.4, p5-Digest-1.15, p5-Digest-HMAC-1.01, p5-Digest-MD5-2.36, p5-Digest-SHA1-2.11, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17014, p5-File-Temp-0.20, p5-GD-2.39, p5-GSSAPI-0.26, p5-HTML-Parser-3.56_1, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-IO-Compress-Base-2.011, p5-IO-Compress-Zlib-2.011, p5-IO-Socket-SSL-1.13, p5-IO-String-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-ShareLite-0.13, p5-MIME-Base64-3.07, p5-MIME-Lite-3.02.1, p5-MIME-Tools-5.426,2, p5-MIME-Types-1.24, p5-Mail-Tools-2.02, p5-Net-1.22,1, p5-Net-SSLeay-1.30_1, p5-Parse-RecDescent-1.95.1, p5-PathTools-3.2701, p5-SOAP-Lite-0.69, p5-Scalar-List-Utils-1.19,1, p5-Storable-2.18, p5-Test-Harness-3.12, p5-Test-Simple-0.80, p5-Text-Balanced-2.0.0_1, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-URI-1.37, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.09_1, p5-XML-Node-0.11, p5-XML-Parser-2.36, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.16, p5-XML-SAX-Expat-0.40, p5-XML-SAX-Writer-0.50, p5-XML-Simple-2.18, p5-XML-Twig-3.32, p5-XML-Writer-0.604, p5-XML-XPath-1.13, p5-libwww-5.805, p5-libxml-0.08, p5-version-0.75.01, perl-5.8.8_1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28
ここにも含まれています: Perl5

p5-bioperl-1.5.1_1

A collection of Perl modules for bioinformatics (developer release)
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mauricio@arareko.net
必要なもの: expat-2.0.1, freetype2-2.3.7, gd-2.0.35,1, jpeg-6b_4, libiconv-1.11_1, mysql-client-5.0.51a, p5-AcePerl-1.91, p5-Authen-SASL-2.12, p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.091, p5-Cache-Cache-1.05, p5-Class-AutoClass-1.01, p5-Clone-0.28, p5-Compress-Raw-Zlib-2.011, p5-Compress-Zlib-2.011, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.006, p5-DBI-1.60.4, p5-Data-Stag-0.10, p5-Digest-1.15, p5-Digest-HMAC-1.01, p5-Digest-MD5-2.36, p5-Digest-SHA1-2.11, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17014, p5-File-Temp-0.20, p5-GD-2.39, p5-GD-SVG-0.28_1, p5-GSSAPI-0.26, p5-Graph-0.84,1, p5-HTML-Parser-3.56_1, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-Heap-0.80, p5-IO-Compress-Base-2.011, p5-IO-Compress-Zlib-2.011, p5-IO-Socket-SSL-1.13, p5-IO-String-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-ShareLite-0.13, p5-MIME-Base64-3.07, p5-MIME-Lite-3.02.1, p5-MIME-Tools-5.426,2, p5-MIME-Types-1.24, p5-Mail-Tools-2.02, p5-Net-1.22,1, p5-Net-SSLeay-1.30_1, p5-PathTools-3.2701, p5-SOAP-Lite-0.69, p5-SVG-2.44, p5-SVG-Graph-0.01, p5-Scalar-List-Utils-1.19,1, p5-Storable-2.18, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-URI-1.37, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-DOM-XPath-0.13_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.09_1, p5-XML-Parser-2.36, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.16, p5-XML-SAX-Expat-0.40, p5-XML-SAX-Writer-0.50, p5-XML-Simple-2.18, p5-XML-Twig-3.32, p5-XML-Writer-0.604, p5-XML-XPath-1.13, p5-XML-XPathEngine-0.11, p5-libwww-5.805, p5-libxml-0.08, perl-5.8.8_1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28
ここにも含まれています: Perl5

p5-bioperl-run-1.4_1

Wrapper modules for common bioinformatics tools
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mauricio@arareko.net
必要なもの: expat-2.0.1, freetype2-2.3.7, gd-2.0.35,1, jpeg-6b_4, libiconv-1.11_1, mysql-client-5.0.51a, p5-AcePerl-1.91, p5-Algorithm-Diff-1.1902, p5-Authen-SASL-2.12, p5-Cache-Cache-1.05, p5-Compress-Raw-Zlib-2.011, p5-Compress-Zlib-2.011, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.006, p5-DBI-1.60.4, p5-Digest-1.15, p5-Digest-HMAC-1.01, p5-Digest-MD5-2.36, p5-Digest-SHA1-2.11, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17014, p5-File-Temp-0.20, p5-GD-2.39, p5-GSSAPI-0.26, p5-HTML-Parser-3.56_1, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-IO-Compress-Base-2.011, p5-IO-Compress-Zlib-2.011, p5-IO-Socket-SSL-1.13, p5-IO-String-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-ShareLite-0.13, p5-MIME-Base64-3.07, p5-MIME-Lite-3.02.1, p5-MIME-Tools-5.426,2, p5-MIME-Types-1.24, p5-Mail-Tools-2.02, p5-Net-1.22,1, p5-Net-SSLeay-1.30_1, p5-Parse-RecDescent-1.95.1, p5-PathTools-3.2701, p5-SOAP-Lite-0.69, p5-Scalar-List-Utils-1.19,1, p5-Storable-2.18, p5-Test-Harness-3.12, p5-Test-Simple-0.80, p5-Text-Balanced-2.0.0_1, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-URI-1.37, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.09_1, p5-XML-Node-0.11, p5-XML-Parser-2.36, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.16, p5-XML-SAX-Expat-0.40, p5-XML-SAX-Writer-0.50, p5-XML-Simple-2.18, p5-XML-Twig-3.32, p5-XML-Writer-0.604, p5-XML-XPath-1.13, p5-bioperl-1.4_1, p5-libwww-5.805, p5-libxml-0.08, p5-version-0.75.01, perl-5.8.8_1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.28
ここにも含まれています: Perl5

p5-bioperl-run-1.5.1_1

Wrapper modules for common bioinformatics tools (developer release)
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mauricio@arareko.net
必要なもの: expat-2.0.1, freetype2-2.3.7, gd-2.0.35,1, jpeg-6b_4, libiconv-1.11_1, mysql-client-5.0.51a, p5-AcePerl-1.91, p5-Algorithm-Diff-1.1902, p5-Authen-SASL-2.12, p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.091, p5-Cache-Cache-1.05, p5-Class-AutoClass-1.01, p5-Clone-0.28, p5-Compress-Raw-Zlib-2.011, p5-Compress-Zlib-2.011, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.006, p5-DBI-1.60.4, p5-Data-Stag-0.10, p5-Digest-1.15, p5-Digest-HMAC-1.01, p5-Digest-MD5-2.36, p5-Digest-SHA1-2.11, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17014, p5-File-Temp-0.20, p5-GD-2.39, p5-GD-SVG-0.28_1, p5-GSSAPI-0.26, p5-Graph-0.84,1, p5-HTML-Parser-3.56_1, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-Heap-0.80, p5-IO-Compress-Base-2.011, p5-IO-Compress-Zlib-2.011, p5-IO-Socket-SSL-1.13, p5-IO-String-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-ShareLite-0.13, p5-MIME-Base64-3.07, p5-MIME-Lite-3.02.1, p5-MIME-Tools-5.426,2, p5-MIME-Types-1.24, p5-Mail-Tools-2.02, p5-Net-1.22,1, p5-Net-SSLeay-1.30_1, p5-PathTools-3.2701, p5-SOAP-Lite-0.69, p5-SVG-2.44, p5-SVG-Graph-0.01, p5-Scalar-List-Utils-1.19,1, p5-Storable-2.18, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-URI-1.37, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-DOM-XPath-0.13_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.09_1, p5-XML-Parser-2.36, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.16, p5-XML-SAX-Expat-0.40,